李渊是皇帝，也是一个父亲，李建成虽然犯错，但对一个父亲来说，不是一个不可饶恕的错误。若果真如裴寂所说，李建成这么做是为了防备觊觎太子之位的弟弟，也算是情有可原。他心中担忧的是这兄弟俩矛盾激化，兄弟相残是他最不想看到的。
至于如何处理此次事件，他心中已有数。他已是一个老人了，家庭和睦才是最重要的。数日之后，他放出李建成，仍旧遣送李建成回京师居守。
李建成在鬼门关走了一遭，有惊无险回到长安。事后自然是重金酬谢裴寂和张尹二妃，对魏征也是越发器重。
却说杨文干攻陷宁州后，又驱赶吏民出城，占据百家堡。可是随着李世民率大军赶到宁州，杨文干部众顿时毫无斗志。李世民在他们心中高山仰止，是一个攻无不克战无不胜的战神，他们哪里敢与李世民战斗，当即崩溃散去。而杨文干也被麾下所杀，砍下头颅，进献给李世民。
李世民不费吹灰之力即平定了杨文干叛乱，他还搜捕出宇文颖，也不押送至长安，将这样一个李渊派出的使者就地诛杀。
平定叛乱虽然迅速，但一来一回，也用了两个月时间，等到李世民班师回朝已是七月份。
李渊对他慰劳了一番，既不问宇文颖被杀的事，也不提当日承诺立李世民为太子的事情。李世民见李建成安然无事稳坐在东宫，料想李渊改变了主意，也不敢出言提醒，以免李渊猜忌他觊觎太子之位。
第二天，李渊邀李建成和李世民相聚，责备他们兄弟不睦，但不说具体原因。兄弟俩也不辩解，对视一眼，各自心知肚明。
过了几日，一道诏令下来，将太子中允王珪、左卫率韦挺、天策兵曹参军杜淹，一并流放到巂州。显然对于此次杨文干造反事件，李渊是对李建成和李世民各打五十大板，算是对两人的一个警告。
告变的尔朱焕、桥公山则是无端端失踪，也无人追查，铁纲靖猜想是被李建成所杀，毕竟这两人背叛了东宫。
李世民对李渊在仁智宫为何改变主意进行调查，得知是裴寂和张尹二妃背后劝说的结果。他对这三人虽然痛恨，但又无法收买他们，因这三人是李建成的忠实支持者。
铁纲靖了解事情经过后，劝李世民道：“殿下，圣上心太软，若是指望他废掉太子李建成，只怕是没希望的，还是得我们自己主张，设法除掉太子。此次事件，明眼人都看出来，你和太子的矛盾已经激化，以后可谓是步步凶险。玄武门之变是记载在史书上的既成史实，是不会改变的，希望殿下早做准备，莫因一时犹豫失去了良机。”
李世民道：“我明白，心中自有打算。”
至于东宫那边，也料到此次事件是李世民在背后谋划，也在暗中加紧准备对付李世民。最性急的是齐王李元吉，对李建成道：“大哥，何必啰嗦，派人刺杀他不就行了。刺杀不成，就下毒，总有一种办法能置他于死地。”